Bereits ab 1928 erzielte die NSDAP, vorwiegend im ländlichen Teilen des damaligen Freistaates Oldenburg und in der Stadt Oldenburg, große Wahlerfolge, die im Jahr 1932 zur Regierungsübernahme durch die Nationalsozialisten führten. So bildeten sie die erste deutsche Landesregierung unter nationalsozialistischer Führung. Bereits nach dieser Regierungsübernahme ging in den Geschäften der jüdischen Einzelwarenhändler der Umsatz beträchtlich zurück; erste Geschäftsleute gaben ihre Geschäfte schon vor dem 30. Januar 1933 auf. (Meiners 2005)
Die Landesgemeinde hatte sich noch im März 1935 entschieden, dem Preussischen Landerverband jüdischer Gemeinden beizutreten. Je kritischer die Anfeindungen wurden, umso enger musste man die Zusammenarbeit auf Reichsebene verstärken. In der Synagoge wurden Reden des Rabbiners durch die Gestapo mitgehört.
Kurz nach dem Tod des Landesrabbiners de Haas fand Ende Mai 1935 eine Schändung statt (siehe hier).
Gegen Mittag des 10. November 1938 versuchte man die Trauerhalle auf dem jüdischen Friedhof in Brand zu setzen. Dazu wurde das lose Inventar der Trauerhalle aufgeschichtet und mit 3 Litern Spiritus versucht in Brand zu setzen, Scheiben eingeworfen und vermutlich auch Grabsteine umgeworfen. Das Gebäude als solches konnte aufgrund der massiven Bauweise nicht brennen. Die Haupttäter dieser Taten wurden als Menschlichkeitsverbrechen in einem Prozess vor dem Schwurgericht im Jahr 1949 verurteilt. Strafen in Höhe von einem Jahr und neun Monaten Gefängnis bzw. einem Jahr Gefängnis wurden verhängt. Die Revision der Angeklagten wurde wegen Unbegründetheit abgewiesen.
Die Reichsvereinigung der Juden in Deutschland wurde aufgrund der zehnten Verordnung zum Reichsbürgergesetz vom 4. Juli 1939 gegründet. Sie war nun ein zwangsweiser Zusammenschluss aller Juden und jüdischen Vereinigungen in Deutschland und wurde unter die Aufsicht des Reichsinnenministeriums gestellt. Die Kultusgemeinde Oldenburg (jüd. Gemeinde) verlor im März 1938 ihre Rechtsstellung als öffentlichen Körperschaft. Das Friedhofsgrundstück wurde 1943 auf die Reichsvereinigung umgeschrieben. Seine Tätigkeiten stellte die Reichsvereinigung zum 10. Juni 1943 ein. Sie wurde jedoch formell nicht aufgelöst. Noch vorher hatte die Reichsvereinigung die Anweisung erhalten, die jüdischen Friedhöfe im Deutschen Reich beschleunigt, vorzugsweise an die politischen Gemeinden, zu verkaufen. Die Grundstücksverwaltung übernahmen fortan die Oberfinanzpräsidien. Gut ein Jahr nach der Übernahme des Grundstücks bietet das Finanzamt Oldenburg der Stadt Oldenburg das Grundstück des jüdischen Friedhofes zum Ankauf an und drängte auf baldige Umschreibung des Grundstücks. Die Stadt Oldenburg handelt umgehend und bewilligt den volkswirtschaftlich gerechtfertigten Kaufpreis von 8.259.- Reichsmark (das entspricht einer Summe von 30 Pfennig pro Quadratmeter). Bereits am 1. Juli 1944 wird die entsprechende Auszahlungsverfügung mit dem Hinweis, es „kann schon jetzt über den Betrag verfügt werden“, unterzeichnet. Laut Grundbuchakte erfolgte aber nachweislich keine Umschreibung bzw. Auflassung des Grundstücks. Dies lässt sich wohl durch die damalige Situation im fortschreitenden Kriegsjahr 1944, wie anderen Orts auch, begründen. Die Reichsvereinigung der Juden in Deutschland bleibt laut Grundbuchakte bis 1950 eingetragene Eigentümerin des Grundstücks an der Dedestraße.
Ob im Laufe der Reichsmetallspenden auch auf dem jüdischen Friedhof Metallteile von Grabstellen entfernt wurde, ist nicht gänzlich geklärt. Anhaltspunkte dafür gibt es jedoch.
Auch ungeklärt ist derzeit noch, ob Nachforschungen über jüdische Grabstellen zur genealogischen Erforschung durch das Reichsinstitut für Geschichte des neuen Deutschlands in Oldenburg durchgeführt wurden. Eine Anfrage des Reichsinstituts jedenfalls erreichte 1943 auch Oldenburg und Landesarchivleiter Lübbing hielt es für zweckmäßig, Kopien von anzufertigen Fotos von Grabsteinen vor 1860 auch für das Landesarchiv zu erhalten.
Vermutlich im Laufe des Jahres 1943 wurde auf dem Gelände des Friedhofs ein Rundbunker (Rundschutzbau) mit ca. sechs Meter Durchmesser erbaut. Das genaue Datum des Baues konnte nicht ermittelt werden; nach Aussagen des Bunker-Experten Holger Raddatz wurden solche Bunker jedoch nicht vor 1943 erbaut. Er befand sich links neben dem Eingangstor, direkt in der Nähe der Mauer zur Dedestraße. Auf einem Plan aus dem Jahre 1948 ist er entsprechend eingezeichnet. Der Bunker wurde erst im März 1960 wieder beseitigt.
Zur Bestattung von Zwangsarbeiter/Kriegsgefangenen während der NS-Zeit siehe hier.